Rmarkdownでは著者の情報をファイルの冒頭部のYAMLヘッダと呼ばれるフィールドに記述します。
この中で著者の所属を記述するためには下記のようにします。

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title: "Yesterday"
author:
  name: Lennon-McCartney
  affiliation: The Beatles
date: "1965-06-17"
output: html_document
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参考

• Authoring R Markdown vignettes